鼻拭子和咽拭子相比，鼻拭子的感觉会更加强烈。鼻拭子需要将棉签经过鼻腔达到鼻咽部进行采样，会产生较强的异物感。若存在鼻腔结构异常，如鼻甲肥大等情况或鼻腔存在息肉，在采集鼻拭子是就有可能引起局部的出血或产生疼痛不适感。
在检测是否感染新冠病毒时，常要选择做鼻拭子或咽拭子。感染新冠病毒后，病毒常在呼吸道繁殖，所以在检测是否感染新冠是，要在鼻咽部或口腔的咽后壁以及扁桃体窝内取样，进行检查，这种检测方法较为成熟，且较为方便和快捷。
鼻拭子是指将拭子棉签从鼻腔深入，一直伸到鼻咽部，取分泌物进行涂片。咽拭子是通过张口，直接在口腔的咽后壁以及扁桃体窝内取样本。嘴部较鼻部不容易敏感，且在张嘴时，能够很好的将取样部位暴露在外，取样较方便。
无论是鼻拭子还是咽拭子都能够有效检测出是否患有新冠病毒。对于年龄较小的婴儿等，为了减少不适感一般采用咽拭子进行采样。鼻拭子较咽拭子准确率较高，主要针对隔离点等重点人群使用，对医护人员的技术要求也较高。
